1998年,TNC来到中国,与云南省政府共同编制了《滇西北保护与发展行动计划》,把自然生态保护与经济发展有机结合起来,在保护生物多样性的同时,积极促进当地的可持续发展。在项目的帮助下,云南省有关部门共同创建了普达措、梅里雪山和老君山等中国第一批国家公园。
2007年,TNC组织专家团队编制了《中国生物多样性保护远景规划》。为中国政府确定“以35个陆地和海洋保护优先区域为重点,从10个优先领域制定全国范围的保护策略”提供了关键技术支持。这一成果被纳入《中国生物多样性保护战略与行动计划(2011—2030年)》。
针对长江面临的水电开发、栖息地破坏、过度捕捞和全球气候变化等问题,TNC向三峡公司引入了生态流的概念。 从2011年起,三峡公司每年为长江鱼类提供生殖繁育需要的生态流量,促进了四大家鱼野生种群的恢复。在长江流域管理上,TNC还积极推动通过改变传统大坝调度运行方式和洪泛平原管理方式来优化水力发电和洪水管理,在最大程度上降低水电开发等问题对人类社会和野生生物的影响。